为何宁愿南水北调，却不用海水淡化的原因是成本高，废水还无法处理。
与南水北调相比，海水淡化有这样几个方面的弊端。
第一个是成本巨高。根据目前已经在运行的海水淡化工厂，淡化一立方米海水的成本，最低在三元以上，甚至在十元左右，这个价格，是南水北调出口用水价格的十倍左右，这么高的代价，人口少、经济价值高的地方尚可以小规模使用，动辄上千万甚至更多人口的工业化城市，这个价格是无法接受的。目前我国多数城市从水库调水的代价仅仅是0.25元/立方米左右，海水淡化，费用提高了足足十倍，恐怕多数单位和个人无法接受。
第二个是废水处置有难度。海水淡化，现在多数是使用半透膜电渗析方案，这个方案除了输出淡水，还要输出淡水两到三倍数量的咸水，这个咸水如何处理是大问题。排到海洋会影响附近海洋的生态；排到非海洋地区，造成土地盐碱化后果更严重，如果工业化使用，现在还没有用量这么大的工业项目。
所以，大规模淡化海水，现在只是一些对价格不敏感的高价值经济项目有可能使用，普通的工业和民用，还无法经济使用。能不能大规模使用，要看工业化淡化海水技术是否有大的突破，按目前的技术水平，短时间还无法大规模使用。
